Το Ιστορικό Αρχείο του ΙΜΧΑ αποτελείται από τρεις μεγάλες ενότητες:

1) Συλλογή πηγών για τη νεότερη Μακεδονία

Πρόκειται για λυτά έγγραφα της περιόδου κυρίως του Μακεδονικού Αγώνα, μικροταινίες προερχόμενες από δημόσια αρχεία του εξωτερικού που αφορούν στην ιστορία της ευρύτερης περιοχής της Μακεδονίας κατά το 19ο αιώνα και, τέλος, φωτογραφίες, σε πρωτότυπη μορφή και σε αντίγραφα, με έμφαση και πάλι στην περίοδο του Μακεδονικού Αγώνα.

Το αρχείο των λυτών εγγράφων είναι ταξινομημένο σε επτά τμήματα, από τα οποία διαθέσιμο στο κοινό είναι το:

Τμήμα Ζ΄: Ιδιωτικά αρχεία, απομνημονεύματα και συλλογές

Το ΙΜΧΑ, σε μία προσπάθεια διάσωσης και διάδοσης του αρχείου των λυτών εγγράφων για την ιστορία της Μακεδονίας, το έχει εντάξει στο Επιχειρησιακό Πρόγραμμα «Κοινωνία της Πληροφορίας». Το αρχείο αυτό έχει ήδη ψηφιοποιηθεί και διατίθεται στο ερευνητικό κοινό σε ψηφιακά αντίγραφα. Μέρος αυτών θα είναι επίσης σύντομα διαθέσιμο μέσω του Διαδικτύου.

  Οι μικροταινίες για την ιστορία της ευρύτερης περιοχής περιλαμβάνουν υλικό που προέρχεται από τους εξής φορείς:

 Α΄: Public Record Office/Foreign Office, Λονδίνο

Περιέχονται έγγραφα για τον 19ο αι., προερχόμενα από την Πρεσβεία Κωνσταντινούπολης, τα προξενεία Θεσσαλονίκης, Μοναστηρίου, Σκούταρι, Φιλιππούπολης και Ρουχστούκ, τα υποπροξενεία Ιωαννίνων/Πρέβεζας, Λάρισας/Βόλου και Αδριανούπολης και την Ύπατη Αρμοστεία Ιονίων Νήσων.

 Β΄: Archives du Ministère des Affaires Étrangères, σειρά Correspondance consulaire et commerciale (1793-1901), Παρίσι

Περιέχονται έγγραφα προερχόμενα από τα προξενεία Θεσσαλονίκης, Μοναστηρίου και Ιωαννίνων.

 Γ΄: Τύπος

Νεολόγος  Κωνσταντινουπόλεως, 1871-1892.

 Τα παραπάνω αρχεία διατίθενται ελεύθερα στο ερευνητικό κοινό με απλή αίτηση του ενδιαφερόμενου στη Διεύθυνση του Ιδρύματος.

2) Συλλογή μικροταινιών για την Ελλάδα και τη ΝΑ Ευρώπη τον 20ό αι.

Η ενότητα αυτή περιλαμβάνει μεγάλο αριθμό μικροταινιών που έχει προμηθευτεί το Ίδρυμα Μελετών Χερσονήσου του Αίμου από τα αρχεία του Υπουργείου Πολέμου και του Υπουργείου Εξωτερικών της Μεγάλης Βρετανίας, καθώς και του Υπουργείου Εξωτερικών των ΗΠΑ. Αναλυτικά, οι μικροταινίες που προέρχονται από το Foreign Office και το War Office αφορούν κυρίως στα γεγονότα του Β΄ Παγκόσμιου Πολέμου στην Ελλάδα και τη ΝΑ Ευρώπη, στη διεθνή διπλωματική δραστηριότητα σε σχέση με την περιοχή αυτή, στη σοβιετική πολιτική, στην εξέλιξη του "Μακεδονικού Ζητήματος", στον ελληνικό εμφύλιο πόλεμο κ.ά.

Οι μικροταινίες που προέρχονται από το State Department αποτελούν μέρος της γενικής σειράς Internal Affairs και αφορούν σε εσωτερικά ζητήματα, στην εξωτερική πολιτική και τις διαβαλκανικές σχέσεις κατά τον 20ό αι. για τις ακόλουθες χώρες: Ελλάδα, Αλβανία, Γιουγκοσλαβία, Βουλγαρία, Ρουμανία και Τουρκία.

Το αρχείο των μικροταινιών, τόσο της πρώτης ενότητας όσο και της δεύτερης, διατίθεται ελεύθερα στο ερευνητικό κοινό με απλή αίτηση του ενδιαφερόμενου στη Διεύθυνση του Ιδρύματος.

3) Συλλογή χαρτών

Η ενότητα αυτή περιλαμβάνει 467 χάρτες που απεικονίζουν το χώρο της ΝΑ Ευρώπης κατά την αρχαιότητα, τη ρωμαϊκή-μεσαιωνική εποχή, την τουρκοκρατία, το Μακεδονικό Αγώνα, τους Βαλκανικούς πολέμους, τον Α΄ και Β΄ Παγκόσμιο πόλεμο. Το μεγαλύτερο μέρος τους απεικονίζει την Ελλάδα, Μικρά Ασία, Μακεδονία, Ήπειρο, Θράκη, Αλβανία, Σερβία, Βουλγαρία και Τουρκία. Η κατασκευή τους εκτείνεται χρονικά από το 16ο έως τον 20ό αι.

Το είδος τους ποικίλλει. Υπάρχουν χάρτες ιστορικοί, εθνογραφικοί, επιτελικοί, αρχαιολογικοί, περιηγητικοί, στατιστικοί, γλωσσολογικοί, διοικητικοί, οικονομικοί–παραγωγικοί, εκκλησιαστικοί, ναυτικοί, γεωφυσικοί και πολιτικοί. Είναι κυρίως ελληνικοί, αλλά υπάρχουν και χάρτες αγγλικοί, γερμανικοί, οθωμανικοί και σλαβικοί.

Το ΙΜΧΑ, σε μία προσπάθεια διάσωσης και διάδοσης του αρχείου των χαρτών, όπως ακριβώς και εκείνου των λυτών εγγράφων για την ιστορία της Μακεδονίας, το έχει εντάξει στο πρόγραμμα «Κοινωνία της Πληροφορίας». Το αρχείο ψηφιοποιήθηκε εξολοκλήρου και διατίθεται στο ερευνητικό κοινό σε ψηφιακά αντίγραφα. Μέρος αυτών, καθώς και αναλυτικός κατάλογος όλων των χαρτών, είναι επίσης διαθέσιμοι μέσω του Διαδικτύου.

4) Συλλογή φωτογραφιών

Η ενότητα αυτή του Ιστορικού Αρχείου περιλαμβάνει  ένα μεγάλο αριθμό φωτογραφιών, σε πρωτότυπη μορφή ή σε αντίγραφα,  που καλύπτουν τις δραστηριότητες του Ιδρύματος Μελετών Χερσονήσου του Αίμου από την ίδρυση του το 1953 έως σήμερα, τη φυσιογνωμία και τον πολιτισμό του ελλαδικού χώρου, την ιστορία και την κοινωνία του νεότερου ελληνισμού, καθώς  και των βαλκανικών χωρών.

Οι συλλογές του τμήματος αυτού, που αφορούν όλες τις ιστορικές περιόδους του 19^ου και 20^ου αιώνα, προέρχονται από αγορές ή δωρεές και απαρτίζονται από σημαντικές φωτογραφικές ενότητες, όπως του Σάββα Εφραιμίδη, της Αγγελικής Μεταλληνού - Τσιώμου, του Αλέξανδρου Οθωναίου κ. ά.

Η πρόσβαση και η χρήση του υλικού, είναι ελεύθερη στο ερευνητικό κοινό με απλή αίτηση του ενδιαφερομένου στη Διεύθυνση του Ιδρύματος.